ある村の廃校に、その小学校の元校長先生が暮らしていた。校長先生は、もう使われることのないこの校舎を修繕しながら、「消えゆく我が舎」をいとおしむように静かに日々を送っていた。しかし、いよいよその校舎も解体されることが決まる。
ある日、かつてこの小学校で学んだ男・野田が博物館の職員として、校舎に保管されていた遺跡出土品の整理にやって来る。野田には、誰にも明かしたことのない「小さな秘密」があった。それは閉校式の日に埋めた「タイムカプセル」にまつわるもの。
しかし、校長や恩師であった綾子先生、その娘リツコと接していくうちに、小学校での懐かしい記憶が徐々に回復されていく。 そんな中、村の老人施設にいた綾子先生が、隣町の大きな病院に移ることになる。娘のリツコに付き添われて村を離れる道すがら、綾子先生は学校に立ち寄る。綾子先生は校庭を見渡し、小さく呟いた。「あの子達、どこへ行ったんでしょうねぇ」。その時…。

舞台となる廃校を求め、全国を探し歩いていた監督が、福島県大沼郡昭和村の旧喰丸小学校にたどり着いたのは、2009年1月。1980年に閉鎖されたこの廃校は解体が決まっていたが、監督の申し出に、村長をはじめとする村の人々が理解を示し、撮影終了までの校舎保存が決定。2009年夏から風景などの撮影を開始した。
しかし、秋に予定されていたメインの撮影は、諸般の事情により一年延期に。その後も、四季ごとの風景の撮影は続けられて来たが、2010年秋のメイン撮影は、イチョウが色づく前に雪が降ってしまうという異常気象の影響により、開始2日前にして再びの中断。その後、脚本を春の設定に書き換え2011年5月の撮影再開に向けて準備を進めていた矢先の3月、あの大震災に見舞われた。
一時は製作続行断念も検討されたが、脚本の改訂を経て2011年11月、満を持して撮影再開。幾度もの製作中止の危機を乗り越えて、遂に「ハーメルン」は劇場公開を迎える。