ブルーマウンテンの石切り場に手伝いに行くよう、トップハム・ハット卿に命じられたトーマスは、そこで見たことのない機関車を目撃しました。
なぜか姿を隠したがるその機関車はルークという名前で、友達になったトーマスにルークは秘密を打ち明けます。

「昔、とても悪いことをしてしまい、それが知られるとソドー島から永久に追放されてしまうから、ずっと隠れているんだ」と言うルークの話が信じられず、
トーマスは真実をみつけだすために冒険をはじめます。遠い国からソドー島に到着した何台かの機関車がいたことや、
その機関車のうちの1台が事故でブレンダムの港に落ちたことなど、すべての出来事が明らかになったとき、トーマスは真実を知ることに・・・。