京都の下町にある喫茶店「そのうちcafe」は子供らや地元の常連客にとって憩いの場だ。そんな店に、ある日「大林沙耶(さや)」と名乗る若い女性（東茉凜）がアルバイトとして働き始める。高校を卒業したばかりで職歴もないという沙耶は、不器用ながらも一生懸命かつ異様なほど几帳面に毎日働き、その姿はマスターの星孝史(たかし)（近藤芳正）はもちろん、常連客の間で注目の的となっていった。
そんな沙耶の姿を店の外から盗み見ている男がいた。問いただせば、セクハラの冤罪で大学教授の職を追われ、ホームレスになってしまったこの男・大林明彦（村田雄浩）は、沙耶の元義理の父親だという。家族に迷惑をかけまいと妻と娘の元を離れた大林が唯一後悔しているのは「セクハラは事実無根である」という説明を娘にしなかったことだった。実は星もDV(ドメスティックバイオレンス)があったという妻の一方的な証言のせいで、離婚後、娘と一度も会えないままの人生を送っていた。
そこで、星は沙耶と大林の再会を画策するが、突然思いも寄らない事実が明らかになり、星たちはそれぞれの過去ともう一度向き合わざるを得なくなる。
いつ誰に降りかかるかもしれぬ「事実無根の罪」、どこの家にも潜んでいる「家族の問題」。これらが複雑に絡み合い翻弄される父娘の姿を、京都に実在する一軒のユニークな喫茶店を通して映し出す。長い間止まったままの家族の時間・・・。しかし「事実」より大切なものに気づいた時、人生の時計の針は再び動き出す──